Arriba
Logo

Sistema distribuido de anotación automática y recuperación semántica de imágenes de histología

image_pdfimage_print

Descripción del proyecto

En este proyecto se propone diseñar y desarrollar un sistema distribuido para la anotación automática de una gran colección de imágenes histológicas.

Categoría RENATA: Recursos de consulta y publicación

Estas imágenes fueron capturadas en el desarrollo del proyecto “Sistema para la Recuperación por Contenido en un Banco de Imágenes Médicas” [24], cuyo propósito principal fue la adquisición y publicación de 20,000 imágenes de histología en la red RENATA.

El acceso a estas imágenes se realiza mediante un sistema de búsqueda por contenido, desarrollado por el grupo de investigación Bioingenium de la Universidad Nacional (UNAL) que ya se encuentra en funcionamiento en http://informed.unal.edu.co/bimed/. Este sistema permite a los profesores, estudiantes y profesionales en el área de la salud explorar las imágenes de la colección haciendo búsquedas por características histológicas y detalles citológicos con una alta calidad de imagen; también, por similitud de colores, texturas y bordes, entre otros.

Un subconjunto de 9000 imágenes fueron anotadas, de forma manual, por los expertos del Departamento de Biología (UNAL), Centro Internacional de Física (CIF) y del grupo de investigación Bioingenium (UNAL), quienes describieron los cuatro tejidos fundamentales de organismos, sistema digestivo, respiratorio y nervioso que allí se observan.

Sin embargo, otra gran cantidad de ellas no cuenta con anotaciones textuales que expliquen en forma semántica el contenido de las imágenes y por lo tanto hacer búsquedas mediante palabras clave sólo es posible sobre el subconjunto para las cuales se hizo la descripción manual.

El problema de investigación en este proyecto es el diseño de un modelo de anotación automática de imágenes histológicas, que permita completar las anotaciones que no se tienen en la colección y además permita generar anotaciones para otras nuevas imágenes que se continúan capturando. Los modelos encargados de hacer el procesamiento y análisis automático de las imágenes involucran algoritmos de alto costo computacional, más aún para colecciones con varios miles de imágenes.

Por esta razón se propone diseñar e implementar un sistema distribuido, que permita repartir la carga computacional en varios procesadores simultáneamente, con la colaboración del laboratorio CETA – CIEMAT de España quienes cuentan con una infraestructura de computación en malla para procesamiento intensivo de datos.

El intercambio de imágenes y datos procesados entre los laboratorios del CIF, UNAL, UNIVALLE y CIEMAT se llevará a cabo utilizando la red RENATA, la cual interconecta las instituciones académicas del país y cuenta con un enlace a través de RedCLARA para llegar hasta GEANT2 en Europa.

Además, el propósito de este proyecto es mantener en funcionamiento y extender la funcionalidad el sistema que ya ha sido publicado en RENATA, para ofrecer acceso a las instituciones académicas en Colombia, Latinoamérica y el mundo, a la valiosa colección de imágenes de histología para el estudio de los tejidos fundamentales, que se complementará con los sistemas reproductor masculino y femenino, urinario, circulatorio y linfático.

Instituciones participantes

  • Universidad Nacional de Colombia

  • Centro Internacional de Física

  • Centro Extremeño de Tecnologías Avanzadas CETA-CIEMAT

  • Universidad del Valle

Duración (meses): 18
Fecha de inicio: enero 2010

Compartir este artículo

Fecha de publicación: 3 Mayo, 2018

Deja un comentario

Tu dirección de correo electrónico no será publicada. Los campos obligatorios están marcados con *